Områdesskydd (enligt 7 kap. MB) och artskydd (enligt 8 kap. MB) är frågor som den som söker tillstånd eller gör anmälan enligt MB måste ta med i sin planering. Om ett skyddat område eller skyddad art berörs måste det redovisas i ansökningshandlingarna där frågan kommer att avgöras i samband med lokaliseringsprövningen enligt 2:6 MB. Frågor om tillståndsprövning och områdesskydd eller artskydd är bara samordnade med tvingande verkan när det gäller strandskydd (7:16 MB) och Natura 2000-områden (7:29 b MB).